Selamat Tinggal 5 Kingdom: Kenapa Carl Woese Memecah Monera Jadi Dua?

Pernah bingung kenapa buku biologi lama bilang ada 5 Kingdom, tapi dosen atau guru sekarang sering menyebut 3 Domain?

Jawabannya ada pada sosok ilmuwan bernama Carl R. Woese (1928-2012). Ia memperkenalkan sistem klasifikasi baru yang mengubah cara kita memandang pohon kehidupan. Sistem ini tidak hanya menambah jumlah kingdom, tetapi juga membagi seluruh bentuk kehidupan ke dalam tiga Domain atau kelompok superbesar. Perubahan tersebut tidak terjadi dalam semalam. Ada sejarah panjang di baliknya.

Daftar Isi

Sejarah Singkat: Dua Momen Penting

A) Carl Woese sedang memeriksa film yang menampilkan tanda khas ribosom (2003); (B) George Fox (1999), (Sumber : Nair, 2012).

Pemikiran Carl Woese dalam memperbarui sistem klasifikasi terbentuk melalui dua fase sejarah yang krusial.

Fase Penemuan (1977) : Carl Woese dan George Fox menemukan kelompok makhluk hidup baru yang disebut Archaea. Penemuan ini tidak terjadi melalui pengamatan mikroskop, karena secara fisik Archaea dan bakteri terlihat sangat mirip (sama-sama kecil dan tanpa inti sel). Sebaliknya, mereka menggunakan metode analisis genetik yang disebut “Katalog Oligonukleotida” untuk meneliti RNA ribosom 16S. Dari analisis inilah terungkap bahwa Archaea (awalnya disebut Archaebacteria) sebenarnya sangat berbeda dari bakteri biasa, sehingga dikelompokkan menjadi domain kehidupan ketiga.
Fase Peresmian (1990) : Gagasan ini semakin matang pada tahun 1990. Woese berkolaborasi dengan Otto Kandler dan Mark Wheelis secara resmi memperkenalkan Sistem Tiga Domain (Bacteria, Archaea, dan Eukarya). Momen inilah yang merombak total peta kehidupan seluler yang kita pelajari hari ini.

Inti Penemuan Woese :
Dia tidak menemukan organisme baru di alam, tetapi mengungkap hubungan evolusi yang tersembunyi melalui analisis molekuler. Archaea memang hidup di lingkungan ekstrem, tetapi Woese menunjukkan bahwa perbedaan mendasar mereka ada pada tingkat molekuler dan genetik, membuktikan bahwa mereka adalah “domain kehidupan” yang ketiga. Penemuan ini awalnya ditolak banyak ahli mikrobiologi, tetapi akhirnya diakui sebagai salah satu revolusi terbesar dalam biologi abad ke-20, yang mengubah cara kita memahami pohon kehidupan. Woese membuktikan bahwa taksonomi harus didasarkan pada sejarah evolusi (filogeni), bukan hanya pada ciri-ciri fisik.

Tiga Domain Utama Kehidupan

Berbeda dengan sistem lama, Carl Woese membagi makhluk hidup ke dalam tiga kelompok super besar yang disebut dengan Domain :

Pembagian 3 Domain menurut Carl Woese pada tahun 1990. (Sumber : Woese *et al*., 1990)

Domain Archaea

Domain Archaea mencakup sel-sel prokariotik (tidak memiliki membran inti), memiliki biokimia yang unik, dan memiliki penanda RNA yang berbeda dari sel bakteri. Dalam sistem klasifikasi ini, Domain Archaea hanya terdiri dari satu kingdom, yaitu Kingdom Archaebacteria (atau sering disebut Kingdom Archaea). Archaea dianggap sebagai spesies organisme tertua di Bumi. Mereka mampu bertahan hidup di lingkungan ekstrem dan keras, yang membedakan mereka dari domain kehidupan lainnya.

Ciri Khas

Dinding sel Archaea tidak mengandung peptidoglikan (berbeda dengan bakteri).
Membran Archaea memiliki ikatan eter (ether linkages), yang membuat mereka lebih tahan terhadap kondisi ekstrem.

Klasifikasi (3 Filum Utama)

Crenarchaeota : Kelompok yang dapat bertahan hidup pada suhu yang sangat tinggi (hipertermofil) maupun suhu yang sangat rendah (psikrofil).
Euryarchaeota : Beberapa di antaranya dikenal sebagai halofil ekstrem, yaitu organisme yang mampu hidup di lingkungan dengan kadar garam sangat tinggi (salinitas tinggi).
Korarchaeota : Kelompok ini mencakup spesies yang awalnya hanya ditemukan di satu mata air panas, yaitu Obsidian Pool di Taman Nasional Yellowstone (AS).

Domain Bacteria

Domain Bacteria atau Bakteri merupakan kelompok sel prokariotik (tidak memiliki membran inti) yang memiliki rRNA bakteri dan membran sel dengan lipid diacyl glycerol diester. Domain ini hanya terdiri dari satu kingdom, yaitu Kingdom Eubacteria. Kelompok ini sering disebut sebagai eubacteria atau bakteri sejati.

Ciri Khas Utama

Membran Sel mengandung ikatan ester antara rantai asam lemak tak bercabang dan gliserol (ini membedakannya dari Archaea yang memiliki ikatan eter).
Dinding Sel terbuat dari peptidoglikan.

Klasifikasi (5 Filum)

Proteobacteria (kelompok bakteri Gram-negatif yang beragam).
- Contoh : Escherichia coli, Salmonella typhus, Legionella, Helicobacter pylori (penyebab banyak kasus tukak lambung), Neisseria gonorrhoeae (penyebab kencing nanah/gonore).
Cyanobacteria (sering disebut bakteri fotosintetik ‘biru-hijau’ yang menghasilkan gas oksigen (O₂)).
Eubacteria (bakteri Gram-positif/Firmicutes).
- Contoh : Clostridium (penyebab tetanus, botulisme), Bacillus, Mycoplasma (penyebab walking pneumonia).
Chlamydias (parasit intraseluler obligat).
- Contoh : Chlamydia trachomatis (penyebab penyakit menular seksual).
Spirochaetes (Bakteri berbentuk spiral yang dapat bergerak meliuk)
- Contoh : Penyebab sifilis (Treponema pallidum) dan penyakit Lyme (Borrelia burgdorferi).

Domain Eukarya

Domain Eukarya adalah kelompok sel eukariotik, yaitu sel yang memiliki inti sel (nukleus) yang terbungkus oleh membran. Domain ini terdiri dari empat kingdom, yaitu Kingdom Protista, Kingdom Fungi, Kingdom Plantae, dan Kingdom Animalia.

Ciri Khas

Membran sel tersusun dari lapisan ganda fosfolipid (phospholipid bilayer). Struktur ini terdiri dari rantai asam lemak tak bercabang yang terikat pada gliserol dan gugus fosfat.
Berbeda dengan bakteri, dinding sel Eukarya (jika ada) tidak mengandung peptidoglikan.
Eukarya umumnya kebal atau tidak mempan terhadap antibiotik antibakteri (yang biasanya menyerang dinding sel bakteri), namun mereka sensitif terhadap antibiotik atau obat-obatan yang secara khusus menargetkan sel eukariotik.

Klasifikasi (4 Kingdom Utama)

Protista : Mencakup jamur lendir (slime molds), euglenoid, alga (ganggang), dan protozoa.
Fungi (Jamur) : Mencakup jamur kantung (sac fungi/Ascomycota), jamur gada (club fungi/Basidiomycota), ragi (yeasts/khamir), dan kapang (molds).
Plantae (Tumbuhan) : Mencakup lumut, tumbuhan paku (fern), konifer (tumbuhan runjung), dan tumbuhan berbunga.
Animalia (Hewan) : Mencakup spons, cacing, serangga, dan vertebrata (hewan bertulang belakang).

Fun Fact : Secara pohon evolusi (filogenetik), kita (manusia/Eukarya) sebenarnya berkerabat lebih dekat dengan Archaea dibandingkan Archaea dengan Bacteria lohhh…

Kesimpulan : Transformasi Menjadi 6 Kingdom

Dapat disimpulkan bahwa penemuan perbedaan fundamental pada level molekuler membagi kehidupan ke dalam tiga domain utama: Archaea (mikroorganisme purba di lingkungan ekstrem), Bacteria (bakteri sejati dengan peptidoglikan), dan Eukarya (organisme yang memiliki membran inti).

Pembagian sistem tiga domain ini secara otomatis menggugurkan validitas Kingdom Monera dalam sistem 5 Kingdom Whittaker karena dianggap terlalu umum secara filogenetik. Akibatnya, Monera resmi dibubarkan dan dipecah, sehingga melahirkan sistem klasifikasi baru yang lebih spesifik, yaitu Sistem 6 Kingdom yang terdiri dari:

**Pohon Kehidupan Molekuler**. Diagram ini menghimpun hasil dari berbagai perbandingan sekuens (urutan) rRNA. (Sumber : Pace, 2009)

Tabel Perbandingan antar ke-Enam Kingdom menurut Carl Woese berdasarkan Fitur/klasifikasinya.

Fitur / Klasifikasi	Archaea (Prokariota)	Bacteria (Prokariota)	Protista (Eukariota)	Fungi (Eukariota)	Plantae (Eukariota)	Animalia (Eukariota)
Bentuk Tubuh	Uniseluler (bersel satu)	Uniseluler	Uniseluler / Multiseluler	Uniseluler / Multiseluler	Uniseluler / Multiseluler	Uniseluler / Multiseluler
Mitokondria	Tidak Ada	Tidak Ada	Ada	Ada	Ada	Ada
Dinding Sel	Ada (berbeda dari dinding sel bakteri)	Ada (Peptidoglikan)	Ada pada sebagian spesies	Ada (Kitin)	Ada (Selulosa)	Tidak Ada
Nutrisi	Absorpsi (penyerapan), fotosintesis, kemosintesis	Absorpsi, fotosintesis, kemosintesis	Absorpsi, fotosintesis, ingesti (menelan)	Absorpsi	Fotosintesis	Ingesti (menelan makanan)
Sistem Saraf	Tidak Ada	Tidak Ada	Tidak Ada	Tidak Ada	Tidak Ada	Ada
Motilitas (Gerak)	Ada pada sebagian	Ada pada sebagian	Ada pada sebagian	Tidak Ada	Tidak Ada	Ada

Referensi

Nair, P. (2012). Woese and Fox: Life, rearranged. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109(4), 1019–1021. https://doi.org/10.1073/pnas.1120749109
Pace, N. R. (2009). Mapping the tree of life: progress and prospects. Microbiology and molecular biology reviews, 73(4), 565-576. https://doi.org/10.1128/mmbr.00033-09.
Pan, S. (2023). Three-domain system (Carl Woese’s Classification). Diakses pada 16 Januari 2026, dari https://microbenotes.com/three-domains-of-life/.
Verma, A. K. (2016). Relevancy of three domain system of biological classification in modern context. International Journal on Biological Sciences, 7(1), 35-39.
Woese, C. R., Kandler, O., & Wheelis, M. L. (1990). Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proceedings of the National Academy of Sciences, 87(12), 4576-4579. https://doi.org/10.1073/pnas.87.12.4576.