Analisis Pita (Band) DNA Menggunakan Gel-Pro Analyzer

Gel-Pro Analyzer

Gel-Pro Analyzer digunakan untuk menganalisis data genetik dan membuat laporan analisisnya dalam program digital serta berfungsi dengan berbagai jenis data input. Proses analisis secara otomatis dilakukan dengan data output yang disajikan secara visual. Dengan teknologi pemrosesan gambar, Gel-Pro Analyzer dapat digunakan untuk memperkirakan keberadaan band atau pita DNA yang tidak terlihat secara langsung ketika visualisasi gel dilakukan. Gel-Pro Analyzer dirancang untuk para peneliti biologi molekuler dan digunakan untuk mengekstrak informasi data kualitatif dan kuantitatif yang penting dari gel elektroforesis, node, dan juga koloni bakteri.

Gel-Pro Analyzer produk yang dirancang oleh MediaCybernetics

Perangkat lunak Gel-Pro Analyzer meningkatkan produktivitas dan efisiensi laboratorium dengan memotong beberapa langkah rumit yang memakan waktu pada proses analisis secara manual. Gel-Pro Analyzer dirancang oleh Media Cybernetics dan para ahli biologi molekuler untuk analisis yang mudah digunakan serta memperoleh hasil yang penting dari sebuah visualisasi gel. Dengan kemampuan algoritma pemrosesan gambar, Gel-Pro Analyzer dapat selesai dengan hanya satu kali klik, tetapi jika gambar gel yang dihasilkan kurang baik atau miring, maka perlu pengaturan yang lebih detail untuk menganalisis gambar tersebut agar diperoleh hasil yang lebih baik.

Pita (Band) DNA

Pita DNA merupakan hasil visualisasi DNA menggunakan gel elektroforesis dan telah diamati menggunakan UV Transiluminator. Pita DNA menandakan adanya DNA di dalam gel agarose tersebut sehingga peneliti dapat memprediksi keberadaan dan panjang dari pita DNA yang dianalisis. Untuk hasil PCR, Pita DNA menunjukkan berhasilnya suatu DNA diamplifikasi oleh primer tertentu, sehingga dalam jumlah yang cukup, akan terbentuk pita DNA sebagai hasil visualisasinya. Gambar pita DNA biasanya didokumentasikan menggunakan kamera dan disimpan di dalam gadget dalam bentuk gambar. Pita DNA yang telah berhasil di visualisasi harus segera di dokumentasikan, karena perlahan pita DNA yang terbentuk dalam agarose akan hilang. Tegasnya pita DNA yang dihasilkan menunjukkan bahwa DNA yang dianalisis memiliki konsentrasi yang cukup tinggi, sedangkan gambar yang sedikit lemah menunjukkan bahwa DNA pada pita tersebut memiliki konsentrasi yang cukup kecil.

Perlengkapan yang Dibutuhkan

  1. Laptop atau PC dengan spesifikasi yang sesuai dengan versi aplikasi Gel-Pro Analyzer. Jika menggunakan aplikasi versi 3.2, maka dibutuhkan laptop dengan spesifikasi yang lebih sederhana dibandingkan dengan versi 6 nya.
  2. Data foto hasil elektroforesis yang cukup terlihat, tidak buram, dan tidak kotor pada saat didokumentasikan. Foto yang kotor, atau dengan kata lain terdapat gambar titik-titik cahaya ketika didokumentasikan, maka dikhawatirkan aplikasi akan mengganggap titik tersebut adalah pita DNA, sehingga hasil yang diperoleh tidak dapat dipertanggungjawabkan.
  3. Aplikasi Gel-Pro Analyzer. Aplikasi yang digunakan pada tutorial ini adalah aplikasi Gel-Pro Analyzer versi 3.2. Aplikasi dapat di download dari berbagai sumber atau dapat juga menggunakan aplikasi dalam versi yang lebih tinggi secara premium. Link Berikut dapat digunakan untuk mendownload Gel-Pro Analyzer Versi 3.2 (Download)

Tahapan Analisis

  1. Install Gel-Pro Analyzer pada Laptop atau PC.
  2. Siapkan data foto hasil elektroforesis.
  3. Buka aplikasi Gel Pro Analyzer. Gambar dibawah adalah tampilan awal Gel Pro Analyzer.
Tampilan awal Gel-Pro Analyzer

  1. Pada Function Type pilih DNA Analysis lalu klik OK
  1. Klik File lalu pilih Open
  1. Pilihlah file gambar hasil elektroforesis yang telah yang telah ditentukan, lalu klik Open
  1. Apabila gambar telah muncul, maka data telah siap untuk dianalisis.
  1. Pertama kali yang anda lakukan adalah klik Line/Bands, lalu pilih Add Lanes, lalu Checklist Exctract Intensity, lalu klik OK pada tab Color Image 1D-Gel Analysis

  1. Kita focus pada slide Lanes atau kolom. Sejajarkan lane dengan kolom pada gambar hasil elektroforesis. Ukuran lane juga dapat dibesarkan dengan mengklik ukuran pada kolom.
  1. pada jendela gambar, kita dapat mengatur ukuran lane yang sesuai dengan ukuran pita pada gambar hasil elektroforesis.
  2. pada jendela Lane Profile, dapat diamati bahwa pik yang muncul disebabkan adanya pita DNA pada gambar elektroforesis.
  3. pada jendela Lane, dapat diatur ukuran lane serta dapat menambah atau menghapus lane yang telah terbentuk secara otomatis.
  4. Kita fokus pada Band atau pita DNA yang dihasilkan. Perhatikan apakah band yang ditandai dengan tanda plus (+) berwarna merah sudah tepat pada pita DNA. Jika sudah tepat, maka tidak perlu diperbaiki lagi. Tapi jika band belum tepat, dapat ditambakan dengan cara klik add bands lalu arahkan kursor pada pita DNA yang belum ditandai tanda plus (+). Jika band menandai sesuatu yang bukan pita DNA, maka dapat dihapus menggunakan menu delete bands.
  1. Jika sudah selesai, maka klik OK
  2. Jika lane dan band sudah ditandai, maka selanjutnya adalah membuat ukuran dari marker.
  3. Terlebih dahulu klik M.W. Standard
  4. Pada tab Molecular Weight Standard, atur ukuran dari marker standard yang digunakan. Marker yang digunakan biasanya tampil di gambar pada kolom paling kiri.
  5. Ukuran marker disesuaikan dengan ukuran marker standar yang digunakan dalam penelitian. Contoh ukuran marker standar yang digunakan dalam tutorial ini dari paling bawah adalah 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1500, 3000.
  1. Aplikasi Gel-Pro Analyzer menyediakan beberapa contoh ukuran standard. Jika ukuran yang disediakan oleh aplikasi tidak sesuai dengan marker yang kita gunakan, maka ukuran marker dapat dibuat secara mandiri dengan cara klik New, lalu buat nama sesuai dengan yang diinginkan, unit – bp, genetic material – DNA, dan difussion – linear.
  1. Masukkan ukuran yang telah ditentukan pada isian Molecular Weight. Setelah diisi klik Add. Isilah hingga semua ukuran masuk ke dalam. Isian dimulai dari ukuran terbesar hingga terkecil.
  2. Setelah semua isian selesai, klik OK
  1. Setelah selesai, pada tab Molecular Weight Standart/RI, pilih nama marker yang sudah kita buat sebelumnya.
  1. Setelah itu kita mengatur garis berwarna biru muda di kolom marker. Garis biru muda disejajarkan dengan pita DNA dengan cara klik edit lalu arahkan kursor ke garis biru muda.

  1. Setelah semua garis biru muda pada lane marker disejajarkan dengan pita DNA pada bagian marker, maka selanjutnya klik OK pada tab Molecular weight standard.
  2. Pastikan kembali bahwa pada kolom lane marker, garis biru mudah telah disesuaikan pada pita DNA marker yang telah ditetapkan.
  3. Setelah selesai, data scoring diambil dengan cara mengklik menu Mass/IOD.
  1. Pada tab menu Amounts/Mol. Weights jika di maximize maka akan terlihat seperti gambar dibawah ini.
  1. Lane 1 adalah marker.
  2. Lane 2 dan seterusnya adalah sampel.
  3. Pindahkan data ini ke Microsoft Excel dengan cara klik file, pilih Data to clipboard.
  4. Buka aplikasi Microsoft Excel pada laptop, kalu Paste kan data tersebut di tabel Excel.
  1. Data pada baris pertama diubah menjadi marker dan nama Sample. Lane 1 diubah menjadi marker, lane 2 dan seterusnya diubah menjadi sampel 1, 2, 3, dan seterusnya. Data yang berupa ukuran di kolom sampel diubah menjadi angka satu (1), yang kotak kosong diberi angka nol (0).
Ini hanya gambar contoh. Pita yang dihasilkan, bisa saja berada diantara ukuran marker yang telah diketahui. Misalnya diantara 100 dan 200
  1. Sampai pada tahap ini, hasil scoring sudah diperoleh.
  2. Peneliti tinggal melanjutkan analisis menggunakan aplikasi NTSYSpc software, POWERMAKER, POPGENE, atau GenAIEx, sesuai dengan tujuan penelitian masing-masing.

Jika masih ada yang pembaca belum pahami, kita dapat berdiskusi melalui kolom komentar dibawah ini.

Terima kasih, semoga membantu bagi yang sedang melakukan penelitian.

Previous Post
Next Post

Comments

riska

terima kasih Pak Eko atas materinya. saya ingin menanyakan bagaimana menentukan skoring 0 dan 1 pada DNA sampel? saya mencoba memahami pada gambar di atas masih kurang jelas.
terima kasih

Eko Prasetya

Setelah semua pita DNA yang muncul beserta panjangnya dikoleksi, selanjutnya kita tentukan panjang-panjang yang jadi acuan pengukuran. Misalnya panjang 500 bp, kita scoring muncul pada sampel mana aja. Jika muncul diberi nilai 1, jika tidak diberi nilai 0. Demi kian juga pada panjang-panjang yang lain.
Demikian

riska

bagaimana jika ada diantara 100-200bp misal 125bp dan 180bp, bagaimana menentukan 1 dan 0?
saya mengamati gambar skoring yg bapak tampilkan dgn hasil mol weight. pada line 2 dan 4 mol weight nya 1221 tapi hasil skoring nya berbeda di kolom ladder 1500bp.
terima kasih Pak, mohon penjelasannya

Eko Prasetya

Pada aplikasi Gel Pro Analyzer, ketika kita tentukan titik pita, maka sekecil apapun bergeser akan mempengaruhi panjang yang muncul pada Mol Weight. Saran saya, cari pola panjang yang umum muncul, maka angka mendekati itu sebenarnya memiliki panjang yang sama. Bisa jadi 1200 dengan 1205 adalah pita yang sama panjang, hanya karena gambar dan posisi kamera ketika mengambil gambar yang kurang tepat, terlihat yang satu sedikit naik yang satu sedikit turun. Jika ada perbedaan, maka perbedaan panjangnya harus cukup jauh sehingga dapat diambil kesimpulan bahwa itu adalah panjang band yang berbeda.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *